Marcadores SNP associados a respostas de acessos do BAG citros à infecção com a bactéria Candidatus Liberibacter asiaticus'

Plano de trabalho

A citricultura é uma das principais atividades agroindustriais no Estado de São Paulo. Atualmente os custos de produção têm aumentado em função do manejo necessário para a manutenção dos pomares frente ao Greening (HLB), doença causada pela α-proteobactéria Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) e principal ameaça na citricultura mundial. A busca por genótipos que apresentem maior tolerância a bactéria tem sido um dos maiores desafios nos programas de melhoramento de citros, fazendo-se necessário o uso de toda tecnologia disponível para o aumento na probabilidade de sucesso frente ao grande desafio imposto pela doença. Nesse sentido, as Técnicas Inovadoras de Melhoramento de Precisão (TIMPs), como a seleção genômica, conjuntamente com o melhoramento genético tradicional, poderiam se utilizadas aumentando a possibilidade de desenvolvimento de novas cultivares com desejadas características, como a maior tolerância ao HLB.

Nesse projeto, estão em avaliação numa rede experimental de novos porta-enxertos, diferentes citrandarins, pré-selecionados em estudos anteriores, onde, espera-se definir genótipos que possam conferir menor suscetibilidade da variedade copa a CLas, menor porte às variedades copas contribuindo assim para o manejo do HLB e facilidade de tratos culturais. Além disso, uma população com 575 acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG Citros) do Centro de Citricultura, incluindo os citrandarins, será fenotipada para respostas à infecção com a bactéria Candidatus Liberibacter asiaticus e genotipada com marcadores do tipo SNP. Ao final deste trabalho, pretende-se a identificar e associar marcadores SNPs com a resistência ao HLB. Com isso, será possível auxiliar o programa de melhoramento genético de citros e desenvolver estratégias que acelerem o processo de melhoramento através da seleção assistida por marcadores.

Pesquisador supervisor e local de trabalho

Mariângela Cristofani-Yaly (http://lattes.cnpq.br/7829946393687571)

Centro de Citricultura “Sylvio Moreira”, Cordeirópolis/SP (Google Map: https://goo.gl/maps/AiPWk7WBckG)

Conhecimentos necessários

Habilidades comprovadas em técnicas de biologia molecular, análises de marcadores moleculares e análises estatísticas.

Requisitos

Os candidatos devem ter um excelente currículo com publicações em revistas científicas de alto impacto. O candidato selecionado estará engajado no projeto e implementação de pesquisa científica com forte ênfase na disseminação (publicação) e, possivelmente, na orientação de estudantes de graduação e pós-graduação.

Período contratual e início dos trabalhos

24 meses / Dezembro de 2021 (previsão)

Valores e outras condições

  • Tax-free monthly stipend of 7,373.10 BRL, plus 10% (Research Contingency Funds) of the yearly value for research related expenses.
  • Financial support for travel and installation expenses may be requested for the selected researches and the merits will be analyzed by FAPESP after grant acceptance.
  • The candidate should have concluded a doctorate less than five years before the beginning of the PD fellowship.
  • The fellowship demands full time dedication to the research project (except under conditions outlined in resolution PR Nº 13/2009, 15 July 2009).
  • The fellowship holder may not hold any formal or informal employment nor receive, during the term of the fellowship, a fellowship from another entity, salary or remuneration deriving from the exercise of activities of whatever nature beginning of the application deadline.

Como se candidatar (Etapa de seleção)

Exclusivamente por email (mariangela@ccsm.br) incluindo o título “BOLSA DE POS-DOUTORADO IAC – Seleção e associação genômica ampla”

Documentos requeridos (no formato PDF)

  1. uma carta de apresentação apresentendo suas motivações (até 1 página em Inglês)
  2. Curriculum Vitae (em Português ou Inglês), e
  3. 2 cartas de recomendação aos cuidados do Supervior (em Português ou Inglês)

Data limite para submissão

30/09/2021

Resultados

A seleção será feita com base no currículo dos candidatos (número de publicações com JCR e experiência na área de pesquisa do projeto) e na carta de motivação. Os candidatos poderão ser convidados para uma entrevista pessoal ou online, via plataformas como Google Meet ou Zoom. Os candidatos receberão por e-mail a lista de seleção (classificação) até 31/outubro/2021.

O candidato selecionado deverá apresentar os documentos necessários para o pedido de bolsa da FAPESP no prazo de 15 dias após a publicação da lista de seleção.

Sobre as Instituições

A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) é uma fundação pública, financiada pelo contribuinte do Estado de São Paulo, com a missão de apoiar projetos de pesquisa em instituições de ensino superior e de pesquisa, em todas as áreas do conhecimento. São Paulo tem uma população de 40 milhões e responde por 32% do PIB do Brasil. A constituição do Estado estabelece que 1% de todos os impostos estaduais sejam repassados à FAPESP para apoiar a pesquisa, o desenvolvimento tecnológico e a inovação. A estabilidade do financiamento e a autonomia da fundação tem permitido uma gestão eficiente dos recursos, gerando um impacto muito positivo: enquanto São Paulo tem 22% da população brasileira e 30% dos cientistas com doutorado no país, o Estado de São Paulo responde por 45% dos artigos científicos do país publicados em revistas internacionais.

Esta bolsa de pós-doutorado da FAPESP será coordenada pelo Instituto Agronômico (IAC) e está vinculada ao Projeto FAPESP 14/50880-0 - INCT 2014: de genômica comparativa e funcional e melhoramento assistido de citros. No âmbito do projeto, duas bolsas de pós-doutorado estão abertas neste Centro de Pesquisa do IAC para jovens pesquisadores.

O Instituto Agronômico (IAC) é uma divisão da Secretaria de Agricultura e Abastecimento do Estado de São Paulo, que desde 1887 se dedica, ininterruptamente, à pesquisa. Com sede na cidade de Campinas, e com diversos centros de pesquisa espalhados pelo Estado de São Paulo, o IAC gera tecnologias que beneficiam a agricultura em São Paulo e no Brasil.

Os resultados incluem 1.070 cultivares de 99 espécies, além de pacotes tecnológicos que envolvem todas as etapas, desde o plantio até a pós-colheita, incluindo estudos de solo, clima, pragas, doenças, segurança e eficiência de controle químico.

O IAC é referência em melhoramento genético convencional de plantas agrícolas, ao mesmo tempo em que participa de programas de pesquisa de genoma, transgenia e cisgenia e, mais recentemente, por edição de genomas e RNA de interferência, em parceria com redes nacionais e internacionais.

SNP markers associated with responses of citrus BAG accessions to infection with the bacterium Candidatus Liberibacter asiaticus

Workplan

Citriculture is one of the main agro-industrial activities in the State of São Paulo. Currently, production costs have increased as a result of the management necessary for the maintenance of orchards against Citrus Greening (HLB), a disease caused by the α-proteobacterium Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) and the main threat for citriculture worldwide. The search for genotypes that show greater tolerance to the bacteria has been one of the biggest challenges in citrus breeding programs, making it necessary to use all available technology to increase the probability of success facing the great challenge imposed by the disease. In this sense, New Breeding Techniques (NBTs), as genomic selection, together with traditional genetic improvement, could be used to increase the possibility of developing new cultivars with desired characteristics, such as greater tolerance to HLB.

In this project, an experimental network of new rootstocks, different citrandarins, pre-selected in previous studies, are under evaluation in an experimental network, where it is expected to define genotypes that may confer lower susceptibility of the scion variety to CLas, smaller size to the scion varieties, thus contributing for the management of HLB and ease of cultural treatments. In addition, a population with 575 accessions from the Active Germplasm Bank (BAG Citrus) of the Citriculture Center, including citrandarins, will be phenotyped for responses to infection with the Candidatus Liberibacter asiaticus bacterium and genotyped with SNP-type markers. At the end of this work, we intend to identify and associate SNPs markers with resistance to HLB. With this, it will be possible to support the citrus genetic improvement program and develop strategies that accelerate the improvement process through selection assisted by markers.

Supervisor and workplace

Mariângela Cristofani-Yaly (http://lattes.cnpq.br/7829946393687571)

“Sylvio Moreira” Citrus Center, Cordeirópolis/SP (Google Map: https://goo.gl/maps/AiPWk7WBckG)

Desirable skills

Molecular biology techniques, molecular marker analysis and statistical analysis.

Performace

Applicants should have an excellent publication record in peer-reviewed scientific journals. Successful candidates will be engaged in the design and implementation of scientific research with strong emphasis on dissemination (publication) and, possibly, mentoring graduate and undergraduate students.

Contractual period and start of works

24 months / Dezember, 2021 (estimated)

Value and other conditions

  • Bolsa mensal (livre de impostos) de R$ 7.373,10, acrescida de 10% do valor anual para despesas relacionadas à pesquisa (Reserva Técnica).
  • O apoio financeiro para despesas de viagem e instalação poderá ser solicitado para os candidatos selecionadas e os méritos serão analisados pela FAPESP após a aceitação da concessão.
  • O candidato deverá ter concluído o doutorado, no máximo, cinco anos antes do início da bolsa.
  • A bolsa exige dedicação integral ao projeto de pesquisa (exceto nas condições descritas na resolução PR Nº 13/2009 de 15 de julho de 2009).
  • - O bolsista não poderá ter qualquer emprego formal ou informal, nem receber, durante o período da bolsa, uma bolsa de outra entidade, salário ou remuneração decorrente do exercício de atividades de qualquer natureza.

How to apply (Selection Phase)

Exclusively by email (mariangela@ccsm.br) including the subject “POSTDOC FELLOWSHIP IAC – Gene editing in Citrus”

Required documents (in PDF format):

  1. a cover letter explaining your motivation (up to 1 page in English)
  2. Curriculum Vitae (Portuguese or English), and
  3. two recommendation letters under the care of the Supervisor (Portuguese or English)

Deadline for application

September 30th, 2021

Results

The selection process will be primarily based on the curriculum of the candidates (publications with JCR and experience on the subjects of the project) and on the motivation letter. The candidates may be invited for an interview in person or online via platforms such as Google Meet or Zoom. The candidates will receive by email the selection list (classification) no later than October 31st, 2021.

The selected candidate will need to present the required documents for the FAPESP fellowship application in 15 days after the publication of the classification.

About the Institutions

The São Paulo Research Foundation (FAPESP) is a public foundation, funded by the taxpayer in the State of São Paulo, with the mission to support research projects in higher education and research institutions, in all fields of knowledge. São Paulo has a population of forty million and generates 32% of Brazil’s GNP. The constitution of the State establishes that 1% of all state taxes belong to the foundation and the government transfers these funds monthly. The stability of the funding and the autonomy of the foundation allow for an efficient management of the resources that has had a sizable impact: while São Paulo has 22% of the Brazilian population and 30% of the scientists with a doctorate in the country, the state responds for 45% of the country’s scientific articles published in international journals.

This FAPESP postdoctoral fellowship will be coordinated by the Agronomic Institute (IAC) and is linked to the FAPESP Project 14/50880-0 - INCT 2014: de genômica comparativa e funcional e melhoramento assistido de citros. Under the project, a total of two postdoctoral positions are open at this IAC Research Center for young researches.

The Agronomic Institute (IAC) is a division of the São Paulo State Secretariat of Agriculture and Supply, which, since 1887, has been engaged, without interruption, in research. Based in Campinas, and with several research centers spread throughout the São Paulo State, the IAC generates technologies that benefit agriculture in São Paulo and Brazil.

The results include 1,070 cultivars from 99 species, in addiction to technological packages that involves all stages from planting to post-harvest, including studies on soil, climate, pests, disease, safety and chemical control efficiency.

The IAC is a reference in conventional genetic enhancement of agricultural plants and, in the meantime, it takes part in research programs focused on genome, transgenics and cisgenic and, more recently, through the edition of genomes and interference RNA, in a partnership with national and international network.

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